Programet studimore të Fakultetit Pedagogjik janë dizajnuar sipas parimeve të Sistemit të Bolonjës. Qëllimi është që programet studimore t’i përshtaten dinamikës së reformave në sistemin arsimor në vend, si dhe përshtatja përballë tendencave bashkëkohore në arsim. Ky fakultet synon që studentët të arrijnë:

• Konkurrim në tregun akademik evropian;
• Profilizim përmes zhvillimit të kompetencave;
• Programe të pranuara ndërkombëtarisht;
• Mundësi lëvizjeje akademike.

Në Fakultetin Pedagogjik organizohen:

• Ligjërata interaktive dhe debatuese;
• Mësimnxënie në laboratorë dhe në terren;
• Mësimdhënie përmes TI-së;
• Qasja e re: “Studenti në qendër”.

Në ciklin  I të studimeve, në Fakultetin Pedagogjik janë të akredituara katër programe studimore:

1. Pedagogji profesionale
2. Mësim klasor,
3. Edukim parashkollor
4. Edukim special dhe rehabilitim.

Në ciklin  II  të studimeve janë të akredituara këto programe studimore:

1. Pedagogji, me tri drejtime: a. Arsim elementar; b. Inovacione didaktike dhe c. Menaxhim në arsim
2. Edukim special dhe rehabilitim, me tri drejtime: a. Arsim inkluziv; b. Autizëm dhe dëmtime intelektuale dhe c. Logopedi dhe dëmtim të të dëgjuarit

Në ciklin III të studimeve është i akredituar  programi studimor Pedagogji, me dy drejtime:

1. Strategjia për zhvillimin e arsimit dhe
2. Strategjia për zhvillimin e mësimdhënies.

Në kuadër të Fakultetit Pedagogjik organizohet edhe programi studimor për përgatitje pedagogjike – psikologjike dhe metodike, i cili zgjat një semestër.